Организациям на УСН нельзя одновременно применять специальные (5 или 7%) и общеустановленные (0, 10 или 20%) ставки НДС. Ведомство отметило, что налогоплательщик должен использовать выбранную ставку ко всем облагаемым НДС операциям. Нельзя применять разные ставки в зависимости от того, кто покупатель.

ФНС пояснила, что организация, которая использует ставку 5%, может выставлять счет-фактуру со ставкой 20%, только если она налоговый агент по НДС:

• при покупке товаров, работ, услуг у иностранной организации;
• аренде федерального, регионального или муниципального имущества у органов власти;
• покупке казенного имущества;
• покупке сырых шкур животных, лома, отходов черных и цветных металлов, алюминия вторичного, макулатуры у налогоплательщиков, которые применяют ставку 20%;
• покупке медных полуфабрикатов при выполнении ряда условий.

В этих случаях у организации на УСН в книге продаж могут быть специальная (5 или 7%) и общая (20%) ставки НДС.

Источник: КонсультантПлюс