Пошлина подлежит возврату в случае ее уплаты в большем размере, чем это предусмотрено, а также в случае отказа лица, уплатившего госпошлину, от обращения за совершением юридически значимого действия.
Государственная пошлина уплачивается по месту совершения юридически значимого действия.
Согласно Бюджетному кодексу РФ решение о возврате излишне уплаченных (взысканных) платежей принимает соответствующий администратор доходов бюджета, в рассматриваемом случае - это ФНС России и ее территориальные органы.
Links:
[1] http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_283043/