В соответствии с соглашением представительство таможенной службы осуществляет следующие основные функции: представление интересов таможенной службы своего государства по вопросам таможенного регулирования; оказание содействия развитию таможенного сотрудничества между государствами сторон; участие в согласовании решений таможенных служб государств сторон в области таможенного дела, включая решения, касающиеся развития таможенной инфраструктуры, и оперативные решения по повышению эффективности таможенного контроля; участие в организации обмена информацией по вопросам таможенного дела; участие в мероприятиях по реализации международных договоров государств сторон в области таможенного дела; выработка предложений по сближению нормативно-правовой базы в области таможенного дела Российской Федерации и Республики Узбекистан; участие в согласовании вопросов организации профессионального обучения и повышения квалификации должностных лиц таможенных служб государств сторон в учебных заведениях государств сторон.