Организация может сама определить способы передачи заявлений, в т.ч. и электронный.

В НК РФ не установили, как работникам нужно подавать заявления на возврат излишне удержанного НДФЛ. По Закону об электронной подписи документ, который подписали квалифицированной ЭП, равнозначен бумажному. Такой документ можно использовать в любых случаях, кроме тех, когда есть обязанность применять только бумажную форму.

Минфин высказывал такое же мнение.

Источник: КонсультантПлюс